2004年12月20日，上海市人民政府正式发文（沪府[2004]80号文），原则同意由市水务局组织编制的《上海市水（环境）功能区划》。

《上海市水（环境）功能区划》以《中华人民共和国水法》为依据，以《上海市城市总体规划》（1999-2020年）和《上海市水资源综合规划纲要》为指导，立足于水资源的可持续利用，支持和保障上海社会、经济的可持续发展，与流域水功能区划和上海市水环境功能区划相协调，对本市水资源的利用和保护进行分类和分区。《区划》按照“安全、资源、环境”三位一体的要求，遵循水的流域性和区域性特点，以饮用水源地保护为重点，以科学区划、有效保护、优化配置、综合利用为基本原则，在大量调查研究的基础上，按照水利部制定的《水功能区划技术大纲》的两级区划体系要求，对全市河网和主要骨干河道进行功能划分。

其中,一级区划分为“保护区、保留区、开发利用区、缓冲区”四类。“保护区”指崇明东滩、九段沙自然保护区和太浦河等水域，水质控制标准为Ⅰ～Ⅱ类水；“保留区”主要包括长江口、杭州湾的非开发利用区水域，水质控制标准为Ⅰ～Ⅱ类水；“缓冲区”为沪苏、沪浙边界主要河道，水质控制标准为Ⅱ～Ⅲ类水；上海市其它地区水域为“开发利用区”，水质控制标准为Ⅱ～Ⅴ类水。

二级区划是对一级区划中的“开发利用区”进一步进行细分，将本市河网和46条主干河道、2个湖泊进一步划分为八类用水功能区，即“饮用水源区、过渡区、渔业用水区、景观娱乐用水区、工业用水区、农业用水区、排污控制区、航运区”。

《上海市水（环境）功能区划》作为本市水资源保护和开发利用的依据，是涉水专业规划的基础，是水资源综合管理的目标。今后，市水务部门将按照《区划》的要求，进一步研究制定《上海市水（环境）功能区划管理办法》，规范和加强本市的水（环境）功能区管理，实现水资源的可持续利用。