机构职能：
1、贯彻执行国家和本市有关水务执法、海洋监察的方针、政策和法律、法规、规章。
2、负责本市供水、排水、河道的监督检查工作，对本市中心城区供水、排水、河道（除已依法划转至城管执法职能范围外）方面的违法案件依法实施行政处罚。
3、对本市违反海域使用、无居民海岛保护和利用、海洋自然保护区、海底电缆管道铺设与保护、涉外海洋科学研究管理等海洋法律、法规或者规章行为依法实施行政处罚，承担相应的海洋维权执法任务。
4、组织开展本市水务执法和海洋行政执法的日常巡查、监测以及专项整治等活动。
5、负责有关行政诉讼应诉工作。
6、承办上海市水务局（上海市海洋局）交办的其他事项。
机构设置：
内设机构为10个，即：办公室、组织人事科、法制科（案件审理科）、一大队、二大队、三大队、四大队、五大队、六大队、七大队。
一、办公室主要职责
1.负责党务、政务的综合协调工作。
2.负责公文办理、保密、机要、信访、外事、档案、印章管理等工作。
3.负责党委会、总队长办公会、总队牵头的综合性会议的组织工作。
4.负责目标管理、效能建设、政研、精细化管理、一网通办等工作。
5.负责政务信息、政务公开、意识形态、新闻发布、社会宣传、综治维稳、舆情分析等工作。
6.负责预算决算、财务管理、内控管理等工作。
7.负责综合性文稿起草、大事记编撰等工作。
8.负责重大活动的组织、会务安排和接待工作。
9.负责固定资产（执法装备、信息化装备除外）、安全生产、行政值班、后勤服务等管理工作。
10.完成领导交办的其他事项。
二、组织人事科主要职责
1.负责基层党组织建设和党员队伍建设。
2.负责内设职能编制、公务员管理、教育培训等工作。
3.负责干部队伍建设和干部监督工作。
4.负责党风廉政建设、纪检监察、政风行风建设等工作。
5.负责党委理论学习中心组、精神文明建设等工作。
6.负责工资管理、劳动保护、卫生健康等工作。
7.负责干部人事统计和档案管理，归口管理表彰奖励工作。
8.负责统战工作。
9.负责退休干部日常管理和服务工作。
10.完成领导交办的其他事项。
三、法制科（案件审理科）主要职责
1.负责执法规范化工作，牵头制定执法业务规范、流程等规定。
2.负责执法业务研究、业务培训工作。
3.负责对总队实施或者受局委托实施的行政执法决定进行重大法制审核。
4.负责行政处罚听证，参与行政复议答复、行政诉讼应诉、行刑衔接、检察公益诉讼等工作。
5.负责案件审理、案卷评查等工作。
6.负责执法全过程普法、以案释法等宣传教育工作。
7.负责执法评议考核工作。
8.负责《上海市行政执法证》日常管理工作。
9.参与水务海洋法规、规章、规范性文件的起草和修订。
10.完成领导交办的其他事项。
四、一大队主要职责
1.负责制定总队管辖区域内的河道管理、防汛安全管理、水土保持管理等方面的专项执法方案，并协同六大队组织实施。
2.按照总队年度工作计划和专项执法、综合执法、联合执法、“跨部门、跨区域、跨层级”执法等计划，制定本大队执法工作方案并组织实施。
3.负责管辖区域内的日常执法巡查、违法案件查处、举报投诉处理、案件审理等水务行政执法工作。
4.负责大队业务研究、业务培训、普法宣传等工作。
5.负责党支部建设、内部管理、文明创建等工作。
6.负责案卷的整理归档工作。
7.完成上级交办的其他事项。
五、二大队主要职责
1.负责制定总队管辖区域内的取用水资源管理、供水安全管理、节水管理等方面的专项执法方案，并协同六大队组织实施。
2.按照总队年度工作计划和专项执法、综合执法、联合执法、“跨部门、跨区域、跨层级”执法等计划，制定本大队执法工作方案并组织实施。
3.负责管辖区域内的日常执法巡查、违法案件查处、举报投诉处理、案件审理等水务行政执法工作。
4.负责大队业务研究、业务培训、普法宣传等工作。
5.负责党支部建设、内部管理、文明创建等工作。
6.负责案卷的整理归档工作。
7.完成上级交办的其他事项。
六、三大队主要职责
1.负责制定总队管辖区域内的向排水与污水处理设施排放污水管理、城镇排水设施保护及排水安全管理、污泥管理等方面的专项执法方案，并协同六大队组织实施。
2.按照总队年度工作计划和专项执法、综合执法、联合执法、“跨部门、跨区域、跨层级”执法等计划，制定本大队执法工作方案并组织实施。
3.负责管辖区域内的日常执法巡查、违法案件查处、举报投诉处理、案件审理等水务行政执法工作。
4.负责大队业务研究、业务培训、普法宣传等工作。
5.负责党支部建设、内部管理、文明创建等工作。
6.负责案卷的整理归档工作。
7.完成上级交办的其他事项。
七、四大队主要职责
1.负责制定本市（已明确由相关部门集中行使的事项除外）海域管理、海岛保护管理、海洋设施管理、采砂管理等方面的专项执法方案并组织实施。
2.按照总队年度工作计划和综合执法、联合执法等计划，制定本大队执法工作方案并组织实施。
3.负责管辖海域内的日常执法巡查、违法案件查处、举报投诉处理、案件审理等海洋行政执法工作。
4.负责长江河道上海段采砂执法等跨区域执法的日常执法巡查、违法案件查处、举报投诉处理、案件审理等行政执法工作。
5.负责大队业务研究、业务培训、普法宣传等工作。
6.负责党支部建设、内部管理、文明创建等工作。
7.负责案卷的整理归档工作。
8.完成上级交办的其他事项。
八、五大队主要职责
1.按照总队年度工作计划和专项执法、综合执法、联合执法、“跨部门、跨区域、跨层级”执法等计划，制定本大队执法工作方案并组织实施。
2.负责管辖区域内的日常执法巡查、违法案件查处、举报投诉处理、案件审理等水务行政执法工作。
3.负责大队业务研究、业务培训、普法宣传等工作。
4.负责党支部建设、内部管理、文明创建等工作。
5.负责案卷的整理归档工作。
6.协助市河长办开展河湖突出问题整改复核督查工作。
7.完成上级交办的其他事项。
九、六大队主要职责
1.负责制定总队层面专项执法、综合执法、联合执法、“跨部门、跨区域、跨层级”执法、海域巡航等计划。
2.负责审核大队层面水利、供水、排水、海洋等条线执法方案并牵头组织推进。
3.负责与相关执法单位的联系协调、线索移送、推进办理等工作。
4.负责举报投诉案件的受理、督导、结果反馈、举报奖励等工作。
5.负责内部执法工作督导检查工作。
6.负责跨区域涉水涉海违法案件（长江河道上海段采砂执法除外）的查处。
7.负责信息化建设、资产管理和网络安全工作。
8.负责执法数据的收集整理和统计分析工作。
9.负责党支部建设、内部管理、文明创建等工作。
10.负责案卷的整理归档工作。
11.完成上级交办的其他事项。
十、七大队主要职责
1.负责制定本市地面沉降防治和原水引水管渠保护等方面的专项执法方案并组织实施。
2.按照总队年度工作计划和综合执法、联合执法等计划，制定本大队执法工作方案并组织实施。
3.负责开展本市地面沉降防治和原水引水管渠保护等方面的日常执法巡查、违法案件查处、举报投诉处理、案件审理等水务行政执法工作。
4.负责大队业务研究、业务培训、普法宣传等工作。
5.负责执法装备资产管理工作，负责制定执法装备配备标准和采购、报废、更新等工作。
6.负责车船运行维护、安全管理、燃料保障等工作。
7.负责船舶日常调度和规范化管理、协调联动等工作。
8.负责制定执法服装的配备标准和分发管理工作。
9.负责基地码头建设、日常监管、停靠船舶安全检查等工作。
10.负责党支部建设、内部管理、文明创建等工作。
11.负责案卷的整理归档工作。
12.完成上级交办的其他事项。