上海市水务局行政服务中心于2005年12月28日成立，是上海市水务局所属的全额预算事业单位，主要职能有：统一受理由市水务局负责审批的行政许可事项和非行政许可事项的申请；预审、协调、催办由市水务局负责审批的行政许可事项；办理由市水务局委托的行政许可事项和非行政许可事项；负责政务公开信息的采集、更新及按规定发布，并提供现场查询、咨询服务。2009年11月，局行政服务中心又增加了上海市海洋局的相关行政服务职能，更名为上海市水务局行政服务中心（上海市海洋局行政服务中心），并延续至今。2013年1月7日，新增水务海洋热线管理职能，承担市水务局（市海洋局）热线工作领导小组办公室日常工作。

局行政服务中心每年受理水务和海洋行政审批事项约3000件，受理信息公开申请200多件，主动发布信息1000多条，受理市民热线诉求2万余件。成立至今，实现了零有责投诉，无一例行政复议或行政诉讼，受到申请人、市民、政风监督员以及各级领导的广泛好评，荣获“全国用户满意服务明星班组”、“全国五一巾帼标兵岗”、中华全国总工会“工人先锋号”、“上海市三八红旗集体”、“上海市工人先锋号”、“上海市共青团号”、“上海市窗口行业服务世博会先进集体”、“上海市青年文明号”、“上海市文明单位”、“上海市五一巾帼奖”等多项荣誉。