上海市排水管理事务中心设8个内设机构：

（一）办公室

（二）组织人事科

（三）计划财务科

（四）规划建设科

（五）防汛排水管理科

（六）污水处理管理科（安全监督科）

（七）工程管理科

（八）排水调度监管科